《地下城与勇士》的剧情始于阿拉德大陆——一个魔法与科技并存的世界，由人类、精灵、暗精灵等种族共同生活。远古时代，十二位创世神创造了世界，但其中一位“卡罗索”因力量失控而引发“伟大意志”的崩解，碎片散落为十二个使徒，他们被封印在魔界。阿拉德大陆则是这场宇宙级冲突的舞台中心，其历史与使徒的命运紧密相连。
游戏早期，冒险家们从赫顿玛尔出发，对抗被卡赞感染的“鬼手”诅咒，探索格兰之森、天空之城的遗迹。随着剧情推进，德洛斯帝国与贝尔玛尔公国的矛盾浮出水面，帝国对佩鲁斯帝国的遗产虎视眈眈，而暗精灵与人类的边境冲突也暗藏阴谋。真正的转折点是“大转移”——赫尔德为使徒之力渗透阿拉德，引爆了魔界与阿拉德的次元通道，导致大陆地貌巨变，许多城镇化为废墟。
大转移后，冒险家见证了使徒的接连降临：毁灭使徒安徒恩在能源中心吞噬黑色火山，火焰吞噬万物；生命使徒狄瑞吉则在诺斯玛尔散播瘟疫，将村庄变为死亡之地。每个使徒背后都藏着赫尔德的阴谋，她试图通过消灭其他使徒来重建魔界，而冒险家作为“被选中的人”，在不知情中成为她计划的关键棋子。
剧情的高潮是德洛斯帝国与天界的战争。帝国皇帝野心勃勃，觊觎天界的科学与武器，而天界则因“卡勒特组织”的叛乱陷入内乱。冒险家跨越天空之海，协助天界根特城对抗卡勒特，却意外发现帝国与卡勒特的勾结。同时，魔界之门终于开启，冒险家踏入魔界——一个曾名为泰拉的毁灭星球，见到了使徒团与赫尔德，并得知“卡罗索”的真相。
在魔界，冒险家见证了第二使徒卡恩的无敌力量，也了解到使徒并非纯粹的恶，他们同样是被命运捉弄的存在。随着剧情进入“超越阿拉德”篇章，冒险家开始质疑正义与牺牲的边界，并逐渐觉醒为足以对抗使徒的“超越者”。最终，在《神界》与《缥缈殿》的篇章中，暴龙王巴卡尔与希洛克的回归，让阿拉德再次面临被吞噬的危机。
整个剧情脉络贯穿了“选择与责任”的主题。冒险家从一名无名小卒，成长为左右世界命运的“英雄”，但每一次胜利都伴随着牺牲，例如阿甘左之死、赛丽亚的秘密、赫尔德的老谋深算。阿拉德的故事并未终结，而是在反复的冲突与和解中，展现着人性与命运的抗争。而这一切，共同构成了《地下城与勇士》深邃而迷人的世界观。